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L'abbondanza dei resti fossili ed il loro ottimo stato di conservazione fanno ritenere che tale luogo fosse un importante sito di frequentazione della fauna locale e si potrebbe anche supporre un rifugio con la presenza di una sorgente d'acqua. Ipotesi molto suggestiva ma ancora priva di riscontri oggettivi per la difficoltà di recupero e analisi morfologica del giacimento.
La presenza della fauna finora classificata, la geometria della cavità carsica e l'età della colata lavica concordano con le evidenze geo-morfologiche note in questo territorio.
La direzione predominante Nord-Sud del condotto di Nùrighe sono ricollegabili alle predominati direttrici tettoniche del territorio ed in particolare all'ultima fase vulcanica connessa a linee di frattura con direzione Nord-Sud come mostra l'allineamento dei centri effusivi.
Il paesaggio riferibile a 0.2 milioni di anni risulta infatti caratterizzato dalla presenza di questi pianori d'erosione concordanti con l'antica superficie del Pleistocene medio ed ormai incisi da corsi d'acqua sottoposti a regime di variazioni climatiche durante il Pleistocene.
Pertanto le piccole valli incise su questi orizzonti carbonatici producevano lungo le pareti una erosione selettiva tra i differenti strati calcarei ed i sottostanti livelli arenaceo conglomeratici dando luogo a profonde nicchie sotto roccia sede talvolta di ingressi carsici.
Questo effetto, ancora visibile oggi nelle scarpate dei versanti fossilizzati, ha determinato probabilmente la presenza di un ampio ingresso della paleogrotta di Nùrighe in prossimità dell'attuale contatto con i basalti della colata del M. Cuccuruddu. La presenza del giacimento fossilifero nella zona più interna del condotto carsico testimonia l'esistenza dell'originario ingresso in prossimità del contatto con la colata basaltica.
Le fasi successive all'evento effusivo sono caratterizzate da lenti processi erosivi legati soprattutto ai processi di versante, essendo parte del corso d'acqua fossilizzato dalle colate. Il lento processo di accumulo di sedimenti per lo più fini, legati alla presenza del substrato carbonatico marnoso e tufaceo cineritico, determina un addolcimento delle vallecole e dei rilievi in generale. L'ultimo evento paleoclimatico, quello wurmiano, è responsabile della genesi della piccola valle del Rio Nùrighe e dell'attuale venuta a giorno della grotta stessa grazie all'erosione regressiva del corso d'acqua che impostatosi lungo i fianchi della colata ha riattivato la circolazione superficiale fortemente ostacolata dalle espansioni laviche.
Il ciclo carsico che ha originato la grotta è pertanto riconducibile alle fasi climatiche temperate del Pleistocene medio, tuttavia le incrostazioni e le morfologie ipogee ricoprenti i resti fossiliferi, già fluitati e rimaneggiati, confermano l'esistenza di un ciclo carsico molto più recente ascrivibile a fasi temperate del Wurm e dell'Olocene .
Tale ipotesi è anche confortata dal grado di durezza di queste acque che, scorrendo prevalentemente in calcari arenacei e marnosi, non mostra valori particolarmente elevati e anche la velocità di sedimentazione non è tale da far ritenere quest'area a più elevata attività carsica.
La conservazione di ampie porzioni di questo paesaggio è ascrivibile ad una condizione di fossilizzazione di ampie porzioni del reticolo idrografico e, più precisamente, del corso principale, il Rio Mannu, che hanno ridotto gli effetti erosivi dovuti al clima arido del Wurm, particolarmente efficace nei calcari del Miocene.
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